（1）分子量定量

對于一般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNA Marker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結(jié)果較肉眼觀察估計(jì)要準(zhǔn)確很多。

（2）密度定量

一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個(gè)長度片段的濃度。利用凝膠成像系統(tǒng)和軟件,先將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標(biāo)準(zhǔn)條帶進(jìn)行密度標(biāo)定以后,可以方便的單擊其他未知條帶，根據(jù)與已知條帶的密度做比較，可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對PA GE蛋白膠條帶的濃度測定。

（3）密度掃描

在分子生物學(xué)和生物工程研究中,*常用到的是對蛋白表達(dá)產(chǎn)物占整個(gè)菌體蛋白的百分含量的計(jì)算。傳統(tǒng)的方法是利用專用的密度掃描,但利用生物分析軟件結(jié)合現(xiàn)在實(shí)驗(yàn)室常規(guī)配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項(xiàng)工作。

（4）PCR定量

PCR定量主要是指，如果PCR實(shí)驗(yàn)擴(kuò)增出來的條帶不是一條，那么可以利用軟件計(jì)算出各個(gè)條帶占總體條帶的相對百分?jǐn)?shù)。就此功能而言，與密度掃描類似，但實(shí)際在原理上并不相同。PCR定量是對選定的幾條帶進(jìn)行相對密度定量并計(jì)算其占總和的百分?jǐn)?shù)，密度掃描時(shí)并對選擇區(qū)域生成縱向掃描曲線圖并積分。